Projet Gourme EpiDiaC

L’action 1) a permis d’inclure 203 chevaux répartis en trois groupes : M (n=38), S (n=83) et PAs (n=82). Un article à comité de lecture international a été soumis. Il présentait les résultats comparatifs d’ELISA, PCR, de culture sur ENP vs LPG sur les chevaux du groupe malade. Les reviewers ont demandé d’inclure tous les chevaux de l’étude dans cette analyse. Une nouvelle analyse des données a été réalisée et l’article est en cours de mise à jour. Au total, 55 souches ont été isolées. Leur caractérisation phénotypique n’a pas montré de résistance aux antibiotiques. La caractérisation moléculaire par NGS a été réalisée sur 18 souches. Elles ont été caractérisées comme appartenant à la séquence type (ST 79) par MLST, considérée comme une souche fréquemment retrouvée en Europe. Des analyses plus approfondies sur les gènes de virulence, résistance, persistance ou d’échappement du système immunitaire sont en cours, en collaboration avec les Drs Wilson et Waller. Le séquençage complet des autres souches sera réalisé à LABÉO en 2023.

Les biofilms de neuf souches isolées au cours de cette étude [trois S. equi isolées de chevaux M, trois de chevaux PAs et trois S. equi subsp zooepidemicus (S. zoo), bactéries connues pour former du biofilm] ont été caractérisés et comparés. Quatre technologies ont été utilisées : trois en statique (la coloration au cristal violet, l’impédancemétrie et la microscopie 3D à fluorescence) et une en dynamique (la microfluidique). Après une phase d’optimisation, chaque technologie a été effectuée en triplicat. Les résultats obtenus ne montrent pas de variation de la production de biofilm selon le type de portage des chevaux (M versus PAs), mais plutôt en fonction de la morphologie de la colonie des souches. En effet, les trois souches de S. equi formant du biofilm présentent de petites colonies en milieu gélosé et sédimentent en milieu de culture liquide. Le même phénotype est observé pour les trois souches de S. zoo. Les trois souches de S. equi peu ou non-productrices de biofilm, présentent quant à elles de grosses colonies sur milieu gélosé et poussent de manière homogène en milieu liquide. Ces résultats sont en cours de valorisation par un second article. Sans candidat, l’action 3 n’a pas pu être réalisée.